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César, el simio que capitaneó la revuelta contra la raza humana, es un benévolo gobernante que fomenta la convivencia con los hombres, a pesar de la oposición del general Aldo, jefe militar de los simios. No obstante, los hombres que han sobrevivido al holocausto nuclear son considerados ciudadanos de segunda clase. César decide realizar un viaje a la "Ciudad Prohibida" con MacDonald y el sabio Virgil, en busca de unas cintas en las que estaría grabada la muerte de sus padres. Durante el viaje, es observado por un grupo de hombres mutantes que viven en la devastada zona de guerra. Éste es el motivo por el que el General Aldo desafiará la autoridad de César y, además, provocará un enfrentamiento entre simios y hombres, para dirimir quién gobernará el planeta.